За інформацією LB.ua, в поле зору СБУ владика потрапив через публікацію матеріалів із закликом до міжконфесійної ворожнечі. Крім того, йому інкримінують звинувачення за ст. 111 Кримінального кодексу України (державна зрада) та 111-1 (колабораційна діяльність).
Керівник інформаційного відділу УПЦ митрополит Климент у коментарі LB.ua заявив, що про обшуки дізнався зі ЗМІ. Та зазначив, що митрополит Іонафан проходить у справі як свідок.
"З повідомлень у ЗМІ відомо, що в помешканні митрополита Іонафана відбулися слідчі дії в рамках провадження за статтею 161 Кримінального кодексу. З тих самих джерел відомо, що сам митрополит проходить у цьому провадженні як свідок. Іншої інформації правоохоронні органи на даний час не надали. Можливо, після ознайомлення з належними юридичними документами буде більше інформації", – заявив Климент LB.ua.
Нагадаємо, щонайменше три представники УПЦ перейшли на сторону окупантів та взяли участь у помпезному проголошенні окупації частини українських територій у кремлівській залі - митрополит Луганський та Алчевський Пантелеймон (Поворознюк), настоятель Свято-Саввинського монастиря міста Мелітополя архимандрит Іоанн (Прокопенко), що входить до Запорізької єпархії УПЦ, та настоятель Свято-Успенського кафедрального собору у Херсоні архимандрит Алексій (Федоров). Усі, за даними з відкритих джерел, відзначилися співпрацею з окупантами. Також до Росії втік ізюмський єпископ УПЦ Єлисей.